HuangYiF 发表于 2022-11-16 03:04
我的这两个理解都是不对的吗，不能用来限定范围和修正计算？那标度法的这个rmsd值只是作为选用哪个泛函基 ...

合理和不合理没有严格界限。如果你的误差大于RMSD，说明你的体系属于比较难算准的体系，不太严格地讲就是比文章测试集里的大多数分子都更难算准（之所以不严格是因为RMSD和中位数是两个不不同的概念）。但这个未必说明结果不合理，因为合理性是取决于你需要的精度的。比如做天然产物核磁谱指认，两个相距0.1ppm的峰的顺序预测反了，可能就是不合理了；但是那些做金属-氢配合物的，氢谱化学位移动不动飘到好几十或者负的好几十，那差个10ppm都算合理。

HuangYiF 发表于 2022-11-16 10:04
我的这两个理解都是不对的吗，不能用来限定范围和修正计算？那标度法的这个rmsd值只是作为选用哪个泛函基 ...

简单来说，RMSD相当于是给这个方法打分，就像电影评分一样。而且这个是自评，范围也仅限于训练时使用的数据。这个方法到底是否适用于你的结构体系，实际表现如何是没有保证的，就像评分高的电影并不一定对你胃口，仅供参考。

mfdsrax2 发表于 2022-11-16 09:52
你的理解不对，标度法的截距和斜率是通过大量实验数据拟合（训练）得到的。既然涉及到拟合，自然会有回归系 ...

我的这两个理解都是不对的吗，不能用来限定范围和修正计算？那标度法的这个rmsd值只是作为选用哪个泛函基组的标准吗？那这个rmsd不能用来限定误差范围的话，我们一般计算和实验误差范围要在多少以内算合理？

你的理解不对，标度法的截距和斜率是通过大量实验数据拟合（训练）得到的。既然涉及到拟合，自然会有回归系数和方差标准差等，RMSD就是标准差。