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关于MS中设置联合原子分子力场的问题

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发布时间: 2022-11-16 10:59

正文摘要:

在MS中做吸附模拟的时候需要指定分子中每个原子的力场类型,但是用trappe力场模型的时候会把C-H联合考虑成一个原子,那么请问该怎么设置呢?C的力场参数设置成C-H后,H的原子类型选取成虚原子吗?求大佬指教

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bblovelp 发表于 Post on 2023-10-7 14:33:36
MercuryLamp 发表于 2023-10-7 13:47
https://blog.csdn.net/weixin_51982763/article/details/125662536

收到,谢谢了
MercuryLamp 发表于 Post on 2023-10-7 13:47:22
bblovelp 发表于 2023-10-7 13:07
您好,请问下您这个lammps建模的教程可以发下我吗,联合力场的这个 谢谢了

https://blog.csdn.net/weixin_51982763/article/details/125662536
bblovelp 发表于 Post on 2023-10-7 13:07:20
13167129167 发表于 2022-11-17 10:49
截图为网上找到lamps的建模中的一个例子,他就是说剩余的H原子删除掉,但是我总觉得删除掉之后岂不是空间 ...

您好,请问下您这个lammps建模的教程可以发下我吗,联合力场的这个 谢谢了
13167129167 发表于 Post on 2022-11-17 17:39:17
sobereva 发表于 2022-11-17 16:14
氢的半径本来就非常小,位阻靠恰当设置联合原子类型的C的LJ参数就能等效体现。即便是全原子力场,很多力 ...

好的,十分感谢
sobereva 发表于 Post on 2022-11-17 16:14:09
13167129167 发表于 2022-11-17 10:49
截图为网上找到lamps的建模中的一个例子,他就是说剩余的H原子删除掉,但是我总觉得删除掉之后岂不是空间 ...

氢的半径本来就非常小,位阻靠恰当设置联合原子类型的C的LJ参数就能等效体现。即便是全原子力场,很多力场也刻意不给H设置LJ参数
sobereva 发表于 Post on 2022-11-17 16:13:39
13167129167 发表于 2022-11-17 10:44
所以疑惑的就是这一点,如甲苯中,联合原子模型是CH和CH3这样的力场类型,那么我给这两个C指定类型后,直 ...

13167129167 发表于 Post on 2022-11-17 10:44:43
sobereva 发表于 2022-11-17 01:49
联合原子模型下,非极性氢原子都没了,还指定什么

所以疑惑的就是这一点,如甲苯中,联合原子模型是CH和CH3这样的力场类型,那么我给这两个C指定类型后,直接就删除掉H原子吗? 因为H原子的质量是包含在C原子中的了,所以H可以不要了吗?
sobereva 发表于 Post on 2022-11-17 01:49:34
13167129167 发表于 2022-11-16 20:20
可是用sorption计算的话,不给原子指定力场类型的话就无法计算了

联合原子模型下,非极性氢原子都没了,还指定什么
13167129167 发表于 Post on 2022-11-16 20:20:59
sobereva 发表于 2022-11-16 20:08
用联合原子力场描述的时候,不考虑的氢就彻底不存在,而不是用虚原子之类表示

可是用sorption计算的话,不给原子指定力场类型的话就无法计算了
sobereva 发表于 Post on 2022-11-16 20:08:30
用联合原子力场描述的时候,不考虑的氢就彻底不存在,而不是用虚原子之类表示

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