求助：如何修改.pdb文件中原子名使其和.rtp中一致

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发布时间: 2022-11-16 22:31

各位老师好，我在使用pdb2gmx产生拓扑文件时报错，说在rtp文件残基中找不到.pdb文件中的原子。我修改原子名称（将.pdb文件中HB3改为HB1）后可以正常产生拓扑文件，但是怎么才知道我修改后的名称与rtp中是一一对应的 ...

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WWW1010101 发表于 Post on 2023-2-6 20:09:53

请问一下，我用namd生成甲醇的psf文件，对应的拓扑文件名称怎么改呀

sobereva 发表于 Post on 2022-11-16 22:37:28

有标准命名规则

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