含光君 发表于 2022-11-17 17:17
嗯嗯，我的意思是，本来就应该是有空缺的状态。因为缺掉的那部分原子是存在对应的等价原子在晶胞里的。我 ...

好的好的，我明白啦，非常感谢耐心解答。

认真学习的呆 发表于 2022-11-17 16:01
我刚刚又改成了original格式，但是依然还是有空缺，可以再帮我看看嘛，麻烦啦

嗯嗯，我的意思是，本来就应该是有空缺的状态。因为缺掉的那部分原子是存在对应的等价原子在晶胞里的。我举个栗子，石墨烯刚画完可能长这个样子：

但是你换成Original或者算完就成了这样：

出现这种情况没有任何问题，不是说体系中原子算着算着变少了，而是下面这张图中绿色高亮和蓝色高亮的原子实际上是等价的：

如果不在同一晶胞内显示等价的原子，那就成了第二张图，看上去少了几个原子那样。

我猜，你想表达的意思是这样缺了一瓣儿画图不好看，该怎么显示成原来那样子。
我的建议是：
① 把Display Style—Lattice调回In-Cell，这样MS会把晶胞内（包括边界）所有原子都显示出来，但这种方法大概率不可行，因为你优化过后载体的原子大概率不是严格在晶胞边界上了，除非你优化的时候把载体原子固定住。
② 你在Dispaly Styles里面多显示几个镜像，然后去掉对称性把周边的原子手动删掉，也可以得到没有空缺的结构图形，但这种方法只能自己画画图用，不能再拿去算了。如果你还要接着拿这个结构做后续计算，直接忽略空不空缺这一问题。

含光君 发表于 2022-11-17 15:39
我刚刚改了下4L的帖子，解释写在那里面了~

我刚刚又改成了original格式，但是依然还是有空缺，可以再帮我看看嘛，麻烦啦

认真学习的呆 发表于 2022-11-17 15:34
是的，也是会空缺一部分，您知道这是什么原因嘛

我刚刚改了下4L的帖子，解释写在那里面了~

含光君 发表于 2022-11-17 15:33
嗯嗯，如果你把提交进去的结构改成in-cell，是不是也会变成空缺一部分的？

是的，也是会空缺一部分，您知道这是什么原因嘛

认真学习的呆 发表于 2022-11-17 15:29
您好，我又加了几张图，我检查了这前后体系中的原子数都是37，没有变化，然后我也改成了in-cell格式，但 ...

不好意思我前面讲错了，应该是改成Original，十分抱歉。
因为你提交进去的结构（第一张图 ），表面第一层最左侧和最右侧的原子看上去应该是在PBC中重合的，虽然它们是等价的，但默认情况或者选择In-Cell会把它们都显示出来。
实际上，如果仅考虑单个晶胞中实际数目的原子，应该只显示左侧或者右侧其中的一边儿，这是 Original方式的显示逻辑。

含光君 发表于 2022-11-17 14:57
你给的图看得不是很清楚。可以先check一下前后体系中原子数是否发生变化。如果没有，八成是因为计算前后显 ...

您好，我又加了几张图，我检查了这前后体系中的原子数都是37，没有变化，然后我也改成了in-cell格式，但是依然还是看着空缺了一部分

你给的图看得不是很清楚。可以先check一下前后体系中原子数是否发生变化。如果没有，八成是因为计算前后显示方式不一样了。在右键—Display Style—Lattice—Style下拉框全改成In-Cell再做比较。