请问为什么Gromacs计算的RMSD出现跳崖的现象？

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xjw

发布时间: 2022-11-17 21:24

您好，我在利用Gromacs计算淀粉和小分子的分子动力学模拟时，最后计算小分子的RMSD出现下图的现象，请问这个是由于什么原因造成的啊，有什么办法解决嘛？

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sobereva 发表于 Post on 2022-12-2 08:44:40

xjw 发表于 2022-12-2 08:18
老师，因为轨迹文件比较大，应该怎么上传啊

谁让你上传了，自己分析。

而且世界上有个东西叫网盘

xjw 发表于 Post on 2022-12-2 08:18:11

sobereva 发表于 2022-12-2 02:47
RMSD的数据是对当前轨迹特征的反映，但凡RMSD出现什么特殊的情况，必然要自己观看轨迹、在搞清楚RMSD计算 ...

老师，因为轨迹文件比较大，应该怎么上传啊

sobereva 发表于 Post on 2022-12-2 02:47:46

xjw 发表于 2022-12-1 21:29
老师，我看了一下我的轨迹，但是分子并没有出现跳出盒子的现象，请问这是为啥啊

RMSD的数据是对当前轨迹特征的反映，但凡RMSD出现什么特殊的情况，必然要自己观看轨迹、在搞清楚RMSD计算公式的前提下分析是什么导致的。别人又没你的轨迹，不可能具体帮你分析

xjw 发表于 Post on 2022-12-1 21:29:20

sobereva 发表于 2022-11-18 02:10
用VMD看轨迹，把盒子边框显示出来，结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否 ...

老师，我看了一下我的轨迹，但是分子并没有出现跳出盒子的现象，请问这是为啥啊

xjw 发表于 Post on 2022-11-18 08:16:08

sobereva 发表于 2022-11-18 02:10
用VMD看轨迹，把盒子边框显示出来，结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否 ...

收到，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-11-18 02:10:50

用VMD看轨迹，把盒子边框显示出来，结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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