molclus程序的isostat组件去重排序后原子顺序错乱（实为未按要求产生轨迹文件所致）

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发布时间: 2022-11-18 13:05

本帖最后由 philartist 于 2022-11-18 19:37 编辑过去使用molclus 1.9.9.9 程序搜索团簇几何结构的时候经常遇到一个奇怪的情况：经isostat组件去重排序后产生的cluster.xyz文件中的结构很多元素符号是错乱的。具 ...

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qcn1211 发表于 Post on 2025-6-4 21:31:54

本帖最后由 qcn1211 于 2025-6-4 21:35 编辑

超算得到的多个out文件，如何合并成isomers.xyz 文件，用isostat去重复？

philartist 发表于 Post on 2022-11-18 19:27:52

sobereva 发表于 2022-11-18 16:59
你的xyz文件本身就有问题
xyz轨迹要求里面每一帧原子顺序是相同的。你的traj.xyz里就已经不满足要求，前面 ...

traj.xyz确实是将两个使用genmer组件产生的轨迹直接合并到一起的，ishuffle参数也确实设置成了1
谢谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2022-11-18 16:59:36

你的xyz文件本身就有问题
xyz轨迹要求里面每一帧原子顺序是相同的。你的traj.xyz里就已经不满足要求，前面的一批都是CCCVC顺序，后面的一批是VCCCC。你的traj.xyz怎么产生的？如果genmer时用了ishuffle=1，不能把两次产生的合并，否则原子顺序可能是不同的。

philartist 发表于 Post on 2022-11-18 14:33:10

sobereva 发表于 2022-11-18 14:10
只有isostat没有isostate

已经修改过来了sob老师（一直使用tab键自动补全而忘记了程序正确的名字）

sobereva 发表于 Post on 2022-11-18 14:10:58

只有isostat没有isostate

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