mizu-bai 发表于 2023-2-12 14:08
注意看源码中生成 Gaussian ROHF 输入文件那段

好的，非常感谢！

shenzp 发表于 2023-2-11 23:39
现在这个脚本好像不能把gaussian里的自定义基组放进生成的gjf文件中，请问怎么改一下能用自定义基组？

注意看源码中生成 Gaussian ROHF 输入文件那段

1. 
   
2. with open(InputFile, "r") as fi:
   
3.     (atoms, derivs, charge, spin) = [int(x) for x in fi.readline().split()]
   
4.     ROHF_INP += f"{charge} {spin}\n"
   
5.     for i in range(0, atoms):
   
6.         arr = fi.readline().split()
   
7.         atom = ELEMENTS[int(arr[0])]
   
8.         coord = [f"{(float(x) / ANG2BOHR)}" for x in arr[1:4]]
   
9.         ROHF_INP += f" {atom}"
   
10.         ROHF_INP += " " * 4
    
11.         ROHF_INP += (" " * 4).join(coord)
    
12.         ROHF_INP += "\n"
    
13. 
    
14.     ROHF_INP += "\n"
    

复制代码

在最后一个 `ROHF_INP += "\n"` 后添加一行

1. 
   
2.     ROHF_INP += "@basis_file.gbs"
   

复制代码

注意这一行的缩进一定要和最后一个 `ROHF_INP += "\n"` 对齐，均为四个空格，并把自己的基组文件放到当前目录下。以及记得把 `gmm.json` 配置文件中的 Gaussian 计算级别中基组的部分换成 `gen`。

现在这个脚本好像不能把gaussian里的自定义基组放进生成的gjf文件中，请问怎么改一下能用自定义基组？

Update

修改了 gmm.py 中追加 Molpro Post-HF 计算命令的代码，将每次计算的能量和梯度信息保存到 energy.csv 和 grad.csv 中，不用再在 gmm.json 指定 xml 需要解析的节点的属性值了，帖子中的 gmm.json 应修改成下面样子：

1. {
   
2.     "Gaussian": {
   
3.         "nproc": 4,
   
4.         "memory": "4GB",
   
5.         "level": "#p rohf aug-cc-pvdz nosymm int=(nobasistransform)"
   
6.     },
   
7.     "Molpro": {
   
8.         "nproc": 8,
   
9.         "memory": "200M",
   
10.         "commands": [
    
11.             "basis=avdz",
    
12.             "{rhf;}",
    
13.             "{ccsd(t)-f12a;}"
    
14.         ]
    
15.     }
    
16. }

复制代码

最新版 gmm.py 代码在此 gmm.py (3.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

2022-11-26 14:31 上传 Uploaded

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mizu好厉害！ 顶！这个package好实用！
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