sobereva 发表于 2024-5-11 00:25 好的，十分感谢老师解答我的疑惑 |
wanwan5339 发表于 2024-5-11 00:23 当然会变。难道MD过程中构象都不变？为什么不能变？ 普通有机配体根本就不需要基于Hessian去计算力常数，认真把sobtop主页的例子和FAQ部分看完整 |
sobereva 发表于 2024-5-10 16:56 很抱歉，老师。学生笨拙，我还想问您一下，您在这里提到“以对接得到的结构为初猜结构做个常规的配体分子的几何优化，然后算RESP电荷”，这样的话不还是需要Gaussian进行几何优化吗，如果进行几何优化我的配体坐标和构象还是会改变呀？  我现在还是不明白这个问题。而且我在sobtop里bonded项会基于Hessian计算，这个时候还需要fchk文件，如果不进行结构优化，我也没办法得到这个文件。 |
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wanwan5339 发表于 2024-5-10 11:51 不改变坐标还优化什么 不想改变坐标就不优化 用什么结构算RESP电荷，441博文末尾该说的都说了 |
本帖最后由 wanwan5339 于 2024-5-10 11:52 编辑 sobereva 发表于 2024-5-10 07:31 老师，我看完后还是不太明白。 我对接得到的结构会因为分子优化而改变它的坐标以及构象。这个时候我生成的RESP电荷和拓扑文件都是基于优化后的分子构型坐标得到的。这样我的对接结果就没有意义了。 我对接的结果该拿什么软件进行分子优化才能不改变它的坐标呢?还是说我生成拓扑文件后，在文件里改成对接的时得到的坐标？ |
wanwan5339 发表于 2024-5-9 00:21 如果是让sobtop指认GAFF原子类型和GAFF的力场参数，完全不依赖于几何结构，仅看连接关系 RESP电荷会受到构象影响，用什么结构看此文最后一节 RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html） |
sobereva 发表于 2022-11-23 00:08 老师，使用sobtop之前，需要对我的结果进行优化，但是我的结构需要有特定的坐标（分子对接得到的坐标），经过分子优化，坐标必定发生改变，这个时候我继续生成拓扑文件，能不能在生成.gro等文件里把坐标替换成我分子对接里得到的坐标呢？ |
| acpype对于未明确定义的成键项参数怎么生成的，和sobtop猜的似乎差不少 |
sobereva 发表于 2022-11-23 00:08 好的，谢谢老师 |
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acpype已经过时了，用sobtop强得多，看http://sobereva.com/soft/Sobtop 早期的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里用acpype的地方，在最新一期里大多都已经替换成了sobtop了 |
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