求助：对称双相体系计算结果不对称

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发布时间: 2022-11-25 16:55

本人使用gromacs计算辛酸-水的双相体系，构建了下图所示的对称体系，在经过50ns的计算以后，导出了最后10ns的辛酸local density沿Z轴变化的曲线。按我的理解，初始体系是对称的，这个曲线应该也是对称的，但是明显不 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-11-27 00:59:47

xjtu_zk 发表于 2022-11-26 12:52
社长，您的意思是我计算50ns去最后10ns不够什么？是50ns不够还是10ns不够？

计算密度曲线部分用的轨迹不够长

xjtu_zk 发表于 Post on 2022-11-26 12:53:00

chands 发表于 2022-11-25 17:10
我觉得很对称啊，总有点涨落吧（而且模拟体系这么小，真实体系大多了）。

还是差一些比文献差一些

xjtu_zk 发表于 Post on 2022-11-26 12:52:28

sobereva 发表于 2022-11-25 20:39
这种程度的对称性还算说得过去。要更好的对称性需要更充分的采样

社长，您的意思是我计算50ns去最后10ns不够什么？是50ns不够还是10ns不够？

sobereva 发表于 Post on 2022-11-25 20:39:32

这种程度的对称性还算说得过去。要更好的对称性需要更充分的采样

chands 发表于 Post on 2022-11-25 17:10:07

我觉得很对称啊，总有点涨落吧（而且模拟体系这么小，真实体系大多了）。

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