求助：如何构建磷酸二氢钠，磷酸氢二钠缓冲体系？

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发布时间: 2022-11-28 15:18

1. 磷酸二氢钠（NaH2PO4），磷酸氢二钠(Na2HPO4) 缓冲盐体系，在水中会发生电离，最终为Na+， H+, PO43-三种离子形式。问：是否只能构建PO43-离子，然后用gmx genion加入Na+，来表示？H+好像无法单独 ...

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boqiang 发表于 Post on 2022-11-30 09:52:12

牧生发表于 2022-11-29 08:51
单原子离子的itp，手动输入数据即可。。参考ions.itp里面的写法，把相关的参数写进ffnonbonded.itp里面。 ...

谢谢，个人觉得还是H3O+更加正确，已测试通过，能正常跑通。

牧生 发表于 Post on 2022-11-29 08:51:11

boqiang 发表于 2022-11-29 08:35
谢谢，我试了构建H+，sobtop不能单独识别H，生成不了itp，gro，程序自动退出。我尝试手动写这两个文件试 ...

单原子离子的itp，手动输入数据即可。。参考ions.itp里面的写法，把相关的参数写进ffnonbonded.itp里面。

我见过文献里有使用H3O+，但目前还没见过提到使用H+的

boqiang 发表于 Post on 2022-11-29 08:35:52

牧生发表于 2022-11-28 16:13
可以考虑建立H+或者H3O+ ，参数在这里。。如2楼所说，这个参数应该只适用于很稀的溶液 J. Chem. Theo ...

谢谢，我试了构建H+，sobtop不能单独识别H，生成不了itp，gro，程序自动退出。我尝试手动写这两个文件试试。或者构建H3O+也是一种方法

boqiang 发表于 Post on 2022-11-29 08:32:51

chands 发表于 2022-11-28 15:54
我不懂GMX。但是你的模型化学上不合理。(PO4)3-碱性特别强，你的NaH2PO4-Na2HPO4体系pH不至于太高，(PO4)3- ...

感谢，刚查了磷酸钠(Na3PO4)pH在12-13之间，确实很高，不太适合NaH2PO4-Na2HPO4(pH=6-8)体系，还是得考虑引入H+或H3O+

牧生 发表于 Post on 2022-11-28 16:13:51

本帖最后由牧生于 2022-11-28 16:18 编辑

可以考虑建立H+或者H3O+ ，参数在这里。。如2楼所说，这个参数应该只适用于很稀的溶液 J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1645−1657

chands 发表于 Post on 2022-11-28 15:54:40

我不懂GMX。但是你的模型化学上不合理。(PO4)3-碱性特别强，你的NaH2PO4-Na2HPO4体系pH不至于太高，(PO4)3-只在pH很高的情况下才大量存在。

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