已解决：多肽的itp文件能根据pdb2gmx的结果手写吗？

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发布时间: 2022-12-1 20:02

本帖最后由 wyfgg 于 2022-12-2 11:49 编辑老师们好！我想使用Gromacs中的gmx rdf模块研究polymer中多肽的分布，因此我可能需要在一个盒子中重复放置多条多肽分子，我的思路是这样的：首先使用Packmol建立包含多 ...

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wyfgg 发表于 Post on 2022-12-2 11:50:11

sobereva 发表于 2022-12-2 03:59
方案1明显是下策，而且谁也不知道你想怎么手写

显然应当用方案2。pdb2gmx处理完单个多肽后会给你新的结 ...

感谢Sob老师！您的方案太棒了！

sobereva 发表于 Post on 2022-12-2 03:59:45

方案1明显是下策，而且谁也不知道你想怎么手写

显然应当用方案2。pdb2gmx处理完单个多肽后会给你新的结构文件，用那个文件作为packmol建模的单体的结构文件，才能确保拓扑文件和结构文件里原子顺序绝对对应。

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