看你用什么力场，什么环境下计算
对精度要求不是很高，用gromacs就可以
如果要求高，可以用诸如tinker，支持MMFF94这样精度更高的有机分子力场，不过这类力场不那么适合溶剂相模拟
如果你图省事，可以用带有图形界面的程序，比如Chem3D，就支持MM2、MMFF94力场的分子动力学，用起来极为容易，读取结构后点几下鼠标就能跑，但是高级一点的功能都没有。还有sybyl、Material studio里的forcite等程序也都是有图形界面的分子动力学程序，跑起来容易，但都是收费很贵的。

第一个图就把话题扯远了，NEB是找能量极小路径的方法，一般动力学程序都不支持，OM2/MRCI也是量化范畴的方法。第二个图没说清楚含义。最后一个图你跑出MD轨迹就能直接统计出来，用origin作图即可。