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求助 molclus 不能计算

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xuan12138

发布时间: 2022-12-6 16:39

正文摘要:

使用molclus 对traj文件进行优化然后一直卡在这个界面请问是什么原因

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sobereva 发表于 Post on 2022-12-8 10:07:39

xuan12138 发表于 2022-12-7 15:00
我发现我把mopac拼错了，老师是不是这样就算运行了，我的轨迹比较多，大概有30万帧，这个可以跑吗，我算了 ...

是。可

sobereva 发表于 Post on 2022-12-7 11:46:12

xuan12138 发表于 2022-12-7 10:48
老师我是先使用gromacs跑了一个冠醚溶液的xtc出来，然后用vmd转换成了图中xyz文件，并去除了水分子，接下 ...

先了解正规的xyz文件是什么样子
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

snljty2 发表于 Post on 2022-12-7 10:52:52

xuan12138 发表于 2022-12-7 10:48
老师我是先使用gromacs跑了一个冠醚溶液的xtc出来，然后用vmd转换成了图中xyz文件，并去除了水分子，接下 ...

先把你xyz的原子名改成元素符号再说

xuan12138 发表于 Post on 2022-12-7 10:43:02

sobereva 发表于 2022-12-7 00:38
之前就老有问这个的，于是专门在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.co ...

老师我先用gromacs对冠醚进行了模拟，得到了冠醚的xtc文件，再用vmd转换成xyz文件，去除溶液中的水分子后，得到图中的xyz文件

然后C:\Users\1\Desktop\lty\QQ图片20221207104216我想用molclus找出这轨迹中冠醚存在的不同构象，但是出现了cannot found MOPAC.arc，the task may be failed，看着以前的贴子改了inp，加了环境变量但还是不行，想问问老师是什么原因

xuan12138 发表于 Post on 2022-12-7 09:00:04

sobereva 发表于 2022-12-7 00:38
之前就老有问这个的，于是专门在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.co ...

谢谢老师我没仔细阅读

xuan12138 发表于 Post on 2022-12-7 08:59:27

xuhj199508 发表于 2022-12-6 16:52
标红的字要一个字一个字的读哦

谢谢我没仔细读

sobereva 发表于 Post on 2022-12-7 00:38:59

之前就老有问这个的，于是专门在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）里特意说不要写带w后缀的，结果还是老有人问；后来我都把这段字用红字高亮了，居然还见到N次有人问，不可思议。难不成现在的人默认把没有图标的exe文件都不当可执行文件对待了，或者选择性无视没有图标的exe文件。

xuhj199508 发表于 Post on 2022-12-6 16:52:08

标红的字要一个字一个字的读哦

标红.JPG (92.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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