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求助:Turbomole程序中基函数球谐部分的存放顺序

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发布时间: 2022-12-8 10:58

正文摘要:

本帖最后由 wangyongchaocc 于 2022-12-8 10:58 编辑 最近需要读Turbomole程序输出的分子轨道(MO系数存在mos或者alpha/beta文件中),调用外部积分库计算一些量。为此需要知道Turbomole程序输出的MO系数中基函数 ...

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wangyongchaocc 发表于 Post on 2025-4-26 11:35:25
conda update升级后确实可以,谢谢您!
zjxitcc 发表于 Post on 2025-4-25 18:03:56
wangyongchaocc 发表于 2025-4-25 17:29
conda安装的话bin文件夹里好像没有fch2tm和molden2fch欸

可能是您安装的MOKIT版本过低,可以运行automr --version查看版本号和日期。MOKIT自v1.2.6rc23 Feb 19, 2024开始有fch2tm和molden2fch小程序(当然,更建议您使用当前最新版本MOKIT)
wangyongchaocc 发表于 Post on 2025-4-25 16:57:44
zjxitcc 发表于 2024-2-20 17:40
提醒一下,molden文件强烈依赖于产生其的量化程序,经常不遵循molden标准,因此molden文件现在虽然看似通用 ...

谢谢!我试一下这个功能~
zjxitcc 发表于 Post on 2024-2-20 17:40:52
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-2-20 19:17 编辑

提醒一下,molden文件强烈依赖于产生其的量化程序,经常不遵循molden标准,因此molden文件现在虽然看似通用,但其实有点“一团糟”,普通用户难以获知传的东西是否严格正确。

Turbomole的轨道可以放在好几处,最常见的是mos文件,其5个球谐函数与Gaussian的除了顺序不对应外,有的还相差一个负号,详见MOKIT代码
https://gitlab.com/jxzou/mokit/- ... ref_type=heads#L982
如果你的AO单/双电子积分与Turbomole的角动量顺序不对应,或者相差一个(些)负号,那么运算结果是不对的。

当然,也可以不用了解这些,直接使用MOKIT的fch2tm和molden2fch小程序传轨道,前者从fch文件产生control和mos文件,后者将Turbomole的molden文件转化为fch文件,例子见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 281430&fromuid=2632。fch文件格式大家是很标准统一的。这样也便于你使用fch文件进行波函数分析,或者进一步传轨道给其他程序。

MOKIT的molden2fch小程序特地区分了不同的量化程序,例如
  1. molden2fch a.molden -orca
  2. molden2fch a.molden -tm
复制代码
wangyongchaocc 发表于 Post on 2022-12-8 16:08:45
sobereva 发表于 2022-12-8 11:53
如果是输出molden文件,格式定义了确切的顺序:https://www.theochem.ru.nl/molden/molden_format.html
对 ...

好的,非常感谢您!
sobereva 发表于 Post on 2022-12-8 11:53:31
如果是输出molden文件,格式定义了确切的顺序:https://www.theochem.ru.nl/molden/molden_format.html
对于其它的输出文件,也可以用简单体系,和输出顺序已知的程序得到的系数对照一下来判断

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