求助:packmol生成的pdb文件残基修改有没有简易办法

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发布时间: 2022-12-7 16:52

本帖最后由 WuQs 于 2022-12-7 16:54 编辑想使用packmol建立4mol 的KCL水溶液（因为genion不行），然后先用了个小体系试一下虽然这样pdb2gmx不报错了，但是从VMD里看到已经被我搞的面目全非了；最后我放弃 ...

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WuQs 发表于 Post on 2022-12-7 20:38:30

casea 发表于 2022-12-7 17:51
第一步，K.pdb、CL.pdb、H2O.pdb应该先改称你使用力场的残基名和原子名，然后再使用packmol进行建模

果然是我蠢了

WuQs 发表于 Post on 2022-12-7 20:37:57

rpestana94 发表于 2022-12-7 17:02
I think the problem can be the initial pdb you are using, try using

gmx editconf -f kcl.pdb -box ...

thanks !!

casea 发表于 Post on 2022-12-7 17:51:06

第一步，K.pdb、CL.pdb、H2O.pdb应该先改称你使用力场的残基名和原子名，然后再使用packmol进行建模

rpestana94 发表于 Post on 2022-12-7 17:02:14

I think the problem can be the initial pdb you are using, try using

gmx editconf -f kcl.pdb -box 5 5 5 -o kcl.gro

and check

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