求助：如何求链与链之间的平均距离

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发布时间: 2022-12-7 17:36

各位好！目前我用 GFN2-xTB 优化得到了 3 条分子链相互作用的结构，如下图所示。希望用计算分子链两两之间的平均距离。请教各位应该如何求解？是否有这种功能的脚本呢？谢谢大家！

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sobereva 发表于 Post on 2022-12-8 05:24:38

可以对A链每个原子都计算与B链原子最近距离，然后取个平均，作为平均距离。现成脚本应该没有，自己写一个很简单

chands 发表于 Post on 2022-12-7 20:10:21

你怎么定义两条链之间的平均距离？对应原子的距离的平均值吗？

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