使用Amber的leap模块去生成蛋白质与小分子top和crd文件出现问题

查看数: 1863 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-12-9 16:24

本帖最后由 sun877469558 于 2022-12-9 16:27 编辑请问各位大佬，体系是蛋白与小分子，操作流程如下，全程未报错，leap也没有报错，但是最后leap得到的复合物pdb有问题。（我觉得是不是antechamber生成的mol2以 ...

回复 Reply

sun877469558 发表于 Post on 2022-12-14 13:50:18

c00jsw00 发表于 2022-12-9 21:59
參考這一個https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/index.php

感谢回复，问题已解决

用Gaussian16优化小分子结构后再进行对接就没问题了，应该是小分子初始结构有问题

c00jsw00 发表于 Post on 2022-12-9 21:59:11

sun877469558 发表于 Post on 2022-12-9 18:09:42

经过查阅文献和sob老师的回复，卤键需要用虚拟点考虑额外点电荷，这个在Amber中怎么实现呢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register