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求助:关于gromacs统计数密度的问题

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发布时间: 2022-12-13 19:08

正文摘要:

请问各位老师gromacs统计数密度的时候加-symm的作用是什么,为什么我加这个命令和不加统计出来的结果差别这么大呢?

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sobereva 发表于 Post on 2022-12-14 12:30:11
用于保证中心位置两侧的密度曲线是对称的,也即左右两侧曲线数据取平均。
当采样不够充分的情况,浓度本应对称的两部分的实际算出来的密度曲线会有所不同,-symm用来人为消除这个现象。

你的第一张图本来对称性就已经很好了,没必要用-symm。第二张图和第一张图差异很大,是你没用对-symm(大概率是中心位置没取对)。

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