sobereva 发表于 2023-4-1 05:19
没有以正确方式运行
不要用“导入”这种含糊其辞的描述

好的老师，谢谢老师

Weijie 发表于 2023-3-30 12:18
老师，我用VMD TkConsole导入报错 invalid conmmand name "rangenum"

没有以正确方式运行
不要用“导入”这种含糊其辞的描述

sobereva 发表于 2022-12-18 10:50
中心的位置在哪看具体体系，自己最清楚，既可能是固定的也可能不固定

距离中心的距离自己写VMD tcl脚 ...

老师，我用VMD TkConsole导入报错 invalid conmmand name "rangenum"

961106 发表于 2022-12-18 15:26
谢谢老师，我参加过您的培训，刚才翻看了讲义里的这部分内容，我的体系也是气相中的液滴，但是我添加了电 ...

求体系的几何中心作为被统计的中心，或者trjconv结合-center把体系居中

sobereva 发表于 2022-12-18 10:50
中心的位置在哪看具体体系，自己最清楚，既可能是固定的也可能不固定

距离中心的距离自己写VMD tcl脚 ...

谢谢老师，我参加过您的培训，刚才翻看了讲义里的这部分内容，我的体系也是气相中的液滴，但是我添加了电场，所以液滴在模拟过程中一直发生移动，请问老师对于这种体系中心移动的情况，如何在脚本文件里修改呢？

961106 发表于 2022-12-18 10:23
谢谢老师，请问怎么算中心的位置再算各组分中的原子到中心的距离呀？

中心的位置在哪看具体体系，自己最清楚，既可能是固定的也可能不固定

距离中心的距离自己写VMD tcl脚本统计就完了。这是北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的相关例子，课上非常详细讲怎么编写脚本

Frozen-Penguin 发表于 2022-12-17 12:19
这个图的做法是先算出中心的位置，然后计算各组分中的原子到中心的距离，分别统计画出直方图并归一化，由于 ...

谢谢老师，请问怎么算中心的位置再算各组分中的原子到中心的距离呀？

这个图的做法是先算出中心的位置，然后计算各组分中的原子到中心的距离，分别统计画出直方图并归一化，由于在球坐标下，均匀分布的径向分别是和4πr^2成正比的，所以要再除以这个因子，最后为了图片美观，作者把蛋白质的径向分布函数数值按比例减小了。