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“相位角为什么要固定在0°或180°”、“只考虑高阶n情况”本来就没有这些要求。只不过现成的许多主流力场里所描述的那些二面角扭转势恰好符合这些特征而已。不要把某些力场某些力场参数的特征误认为是普遍的、必须满足的特征。对于实际扭转势,什么函数形式合适、怎么拟合质量高就怎么拟合,顶多是在拟合质量不会显著劣化的前提下可以不考虑一些不太重要的项以让函数形式简单一些,或者让拟合过程简单一些(减少考虑的参数项,或避免成为非线性优化问题,或避免参数空间存在多极小点问题,等等)。 4 不要用复杂、不同二面角之间耦合太厉害的体系。这种情况柔性扫描得到的曲线也往往不平滑,而存在一些突越。而且存在严重耦合问题还会导致你搞出来的参数缺乏可移植性,或者有显著的构象依赖性。为避免这种问题,需要恰当设计模型体系。用简化的体系去做QM柔性扫描本身耗时也低得多。 具体来说,QM柔性扫描后的能量要减去的是各个结构的不考虑此二面角项贡献的MM能量。 |
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