sobereva 发表于 2022-12-23 13:21
以后直接上传文件，不要把文件内容手动放到文本文件里，完全莫名其妙

gro这种纯文本文件，超过500KB的 ...

好的社长 当时太着急了 下次注意

kellyisgood 发表于 2022-12-21 21:40
复制到文档里了 老师您在帮忙看一下吧

以后直接上传文件，不要把文件内容手动放到文本文件里，完全莫名其妙

gro这种纯文本文件，超过500KB的一律压缩后再上传，置顶的社员必读贴明确强调过了

牧生 发表于 2022-12-22 10:45
一切操作正常，2019.6

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.

老师您好 我跑em.gro依然报错，是不是我其它文件有问题呢？但我都是按照官方的教程走的，具体要检查的话一时还没有头绪，希望您能帮我指点一下

牧生 发表于 2022-12-22 10:45
一切操作正常，2019.6

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.

好奇怪，刚刚试了一下还是如下报错
Copied index group 14 'SOD'
Copied index group 15 'Water'
One of your groups is not ascending
Group is empty

一切操作正常，2019.6

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx make_ndx, version 2019.6
Executable:   D:\gmx2019.6_win64_GPU\gmx2019.6_GPU\bin\gmx.exe
Data prefix:  D:\gmx2019.6_win64_GPU\gmx2019.6_GPU
Working dir:  C:\Users\Administrator\Desktop
Command line:
  gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx


Reading structure file
Going to read 0 old index file(s)
Analysing residue names:
There are:   459    Protein residues
There are:     9      Other residues
There are: 22791      Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...

  0 System              : 75601 atoms
  1 Protein             :  7044 atoms
  2 Protein-H           :  3548 atoms
  3 C-alpha             :   459 atoms
  4 Backbone            :  1377 atoms
  5 MainChain           :  1835 atoms
  6 MainChain+Cb        :  2259 atoms
  7 MainChain+H         :  2273 atoms
  8 SideChain           :  4771 atoms
  9 SideChain-H         :  1713 atoms
10 Prot-Masses         :  7044 atoms
11 non-Protein         : 68557 atoms
12 Other               :   184 atoms
13 UNK0                :   176 atoms
14 SOD                 :     8 atoms
15 Water               : 68373 atoms
16 SOL                 : 68373 atoms
17 non-Water           :  7228 atoms

nr : group      '!': not  'name' nr name   'splitch' nr    Enter: list groups
'a': atom       '&': and  'del' nr         'splitres' nr   'l': list residues
't': atom type  '|': or   'keep' nr        'splitat' nr    'h': help
'r': residue              'res' nr         'chain' char
"name": group             'case': case sensitive           'q': save and quit
'ri': residue index

> 1|13

Copied index group 1 'Protein'
Copied index group 13 'UNK0'
Merged two groups with OR: 7044 176 -> 7220

18 Protein_UNK0        :  7220 atoms

> 14|15

Copied index group 14 'SOD'
Copied index group 15 'Water'
Merged two groups with OR: 8 68373 -> 68381

19 SOD_Water           : 68381 atoms

Jotaro 发表于 2022-12-21 22:32
直接在windows下用sob老师预编译好的做index文件

好的老师，谢谢解答。目前我的水和离子还是无法形成一个文件，是我的index文件有问题吗

kellyisgood 发表于 2022-12-21 22:42
有在linux上用的满？可以分享一下吗

linux自己编译，一般不会出问题

Jotaro 发表于 2022-12-21 22:32
直接在windows下用sob老师预编译好的做index文件

有在linux上用的满？可以分享一下吗

kellyisgood 发表于 2022-12-21 22:28
啊 那是我自己装的gromacs的问题吗
还是我缺少什么文件呀

直接在windows下用sob老师预编译好的做index文件

Jotaro 发表于 2022-12-21 21:52
我用sob老师预编译的Gromacs 2020.6在windows下可以正常生成。

啊 那是我自己装的gromacs的问题吗
还是我缺少什么文件呀

我用sob老师预编译的Gromacs 2020.6在windows下可以正常生成。

Jotaro 发表于 2022-12-21 21:30
看看新人必读里怎么传文件，gro不能就这几十行

复制到文档里了 老师您在帮忙看一下吧

kellyisgood 发表于 2022-12-21 21:26
不好意思老师 我好像传不了那个文件  以上是em.gro文件里的全部内容

看看新人必读里怎么传文件，gro不能就这几十行

Jotaro 发表于 2022-12-21 21:00
我的意思是，发一下文件

不好意思老师 我好像传不了那个文件  以上是em.gro文件里的全部内容