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求助如何用Sobtop较为简单快捷的构建氧化石墨烯的topology文件?

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发布时间: 2022-12-22 15:45

正文摘要:

请问一下各位大神,我想模拟蛋白质在氧化石墨烯表面的吸附过程。现在想获取氧化石墨烯的topology文件。请问有什么简单的方法吗? 我目前使用vmd先构建25x10 nm的PG.pdb文件,然后使用GOPY.py程序获得了GO.pdb文件。 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-12-23 13:34:21
http://sobereva.com/soft/Sobtop里的构建周期性体系拓扑文件的例子已经充分体现assign_AT.dat怎么定义,assign_AT.dat里的注释也写得很明白,根据实际情况举一反三去写就完了。尤其是你如果之前用过x2top手写过n2t文件,更不可能不知道sobtop怎么结合assign_AT.dat创建这类体系的拓扑文件。

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