nvt步骤出现错误太多的报错应该如何解决

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发布时间: 2022-12-23 12:23

运行命令： gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr 报错提示

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kellyisgood 发表于 Post on 2022-12-24 19:48:46

sobereva 发表于 2022-12-23 21:55
仔细检查UNK0分子的提示中提到的原子间的bond项的力常数，弄清楚是否合理。没细节信息，别人也不知道这些 ...

明白了谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-12-23 21:55:54

kellyisgood 发表于 2022-12-23 15:07
社长您好，请问这种可以忽略吗，第一次学gromacs 不太明白~

仔细检查UNK0分子的提示中提到的原子间的bond项的力常数，弄清楚是否合理。没细节信息，别人也不知道这些是什么原子、参数是多少
如果用2fs步长而且体系含氢的话，记得总要开constraints = hbonds

sobereva 发表于 Post on 2022-12-23 13:12:18

显然先去看上面提示的warning弄清楚到底是什么，无害的加-maxwarn 1直接忽略，不能忽略的该怎么解决怎么解决

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