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求助：amber计算MMGBSA结果分析问题

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Jiao

发布时间: 2022-12-23 14:44

正文摘要:

各位老师好。请教一下：我用amber计算MMGBSA，算完之后输出文件中的结果和文献中表格列出来的数据不一样呢？

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Jiao 发表于 Post on 2022-12-27 14:03:46

sobereva 发表于 2022-12-23 16:39
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http:// ...

收到，谢谢老师纠正。

Jiao 发表于 Post on 2022-12-27 14:03:06

rpestana94 发表于 2022-12-23 16:55
Are basically the same
ESURF is the nonpolar contribution to the solvation free energy, so is delta ...

收到，谢谢您

rpestana94 发表于 Post on 2022-12-23 16:55:37

Are basically the same
ESURF is the nonpolar contribution to the solvation free energy, so is delta G nopol, sol
EGB is he electrostatic contribution to the solvation free energy, delta G pol,sol

In the table Delta Emm is the sum of Ebond+Evdwaals+Eelec

you can check the amber manual and tutorial for more information, and here in this paper is a rought description of the terms (https://www.mdpi.com/1420-3049/25/22/5334/htm)

sobereva 发表于 Post on 2022-12-23 16:39:13

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
细节不充分，问题没意义

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