始终交代清楚当前实际要算什么问题，直接关乎到如何构造和考虑簇模型。没具体前提，这种问题毫无意义。但无论用于什么目的，只是挖这么一丁点大小的簇，而且不知道对边界原子恰当考虑（冻结、设背景电荷/capped ECP），都是绝对不行的。当前算的根本什么都不是。

你当前是把这体系当气相团簇算的，但它在实际中、以及你的研究问题中是周期性体系吧。如果是的话，这类体系适合用周期性程序算，例如CP2K, VASP, QE等等；明显不适合挖成团簇算，不可强为，更不能载入一个单胞 扔掉单胞盒子 就暴力计算。