团团团子zzz 发表于 2025-5-13 22:05 不会影响结果精度，但没有任何意义非得刻意用1.2。通常rcoulomb和rvdw保持一致，而范德华作用用截断方式计算，rvdw越大耗时越高 |
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34 请问老师，如果已经用ff14SB力场计算，cutoff都设成1.2nm会影响结果精度吗？ 我的理解是，因为有PME，所以不会影响静电相互作用的准确性。但是rvdw=1.2会不会影响结果，我不太确定。想请教一下老师。 |
xishaofan 发表于 2025-1-7 12:21 一样 |
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34 sob老师，对于gaff力场，和amber力场设置一样吗？vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet，rvdw和PME都用1.0。 |
| 感谢 |
sobereva 发表于 2024-2-20 23:43 感谢sob老师解惑 |
youknowdcf 发表于 2024-2-20 10:11 C-rescale目前是最理想的，类似于velocity-rescale在热浴里的地位 参见北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt： 
产生相一用PR没什么问题，但如果发现异常震荡、盒子尺寸维持不好之类情况，改用c-rescale或Berendsen |
CCCCCC921 发表于 2023-9-29 21:32 charmm-gui，最后选择力场的时候可以选charmm或者amber |
sobereva 发表于 2023-10-1 06:41 请问sob老师，现在压力耦合一般用什么耦合器？看文献在产生相用的比较多的还是PR，有更好的上位替代吗？ |
zdworld 发表于 2023-10-1 00:11 可以 PR已经没多少存在价值了，正如同V-rescale已经取代了Nose-Hoover一样 |
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34 产生相可以用c-rescale吗？PR非常容易崩。 |
| 您好，请问amber14sb力场的所有mdp文件和charmm36的是都不一样吗，还是只有md.mdp文件不一样呢；您知道有能找到amber14sb力场所有相关的mdp文件的网址吗，能否推荐一下 |
sobereva 发表于 2022-12-26 21:34 好的，谢谢老师的解答 |
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不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意 1 对于AMBER力场，vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet就完了，没必要自己设别的。rvdw用1.0 CHARMM36用GROMACS手册里建议的非键作用的mdp设置 2、3 热浴一律用V-rescale，tau_t通常0.2。平衡相用Berendsen压浴tau_p = 0.5，产生相用PR压浴tau_p = 2.0 不懂的别自己乱设，诸如fourierspacing用默认的0.12比你自己设的0.16精度更高 |
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