DNA每个碱基对与配体的相互作用如何计算

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发布时间: 2022-12-30 13:01

文献中（https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.03.069）看到有将DNA的各个碱基对与聚合物的相互作用分析做出来的，但是不知道是如何实现。我的想法是将每一个碱基对重新定义为新的残基，再分别计算它们跟聚合物的距离 ...

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Limbei 发表于 Post on 2022-12-31 10:56:19

sobereva 发表于 2022-12-31 00:18
先说明“相互作用”具体指什么，文中的图片的含义是什么
如果只是简单地计算比如最近接触距离，自己写个VM ...

谢谢sob老师，我再深入学习一下

Limbei 发表于 Post on 2022-12-31 10:55:26

喵星大佬发表于 2022-12-30 18:07
mm-gb/pbsa了解一下

谢谢提醒，我去学习一下！

sobereva 发表于 Post on 2022-12-31 00:18:41

先说明“相互作用”具体指什么，文中的图片的含义是什么
如果只是简单地计算比如最近接触距离，自己写个VMD脚本就完了，很简单的事情
如果需要计算各个残基对真空下DNA与聚合物间相互作用能的贡献，可以mdp里定义能量组实现
如果需要计算各个残基对溶剂下结合自由能的贡献，则需要MMGBSA

喵星大佬 发表于 Post on 2022-12-30 18:07:42

mm-gb/pbsa了解一下

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