如果就只有一两个分子被边界分开了，可以手动改坐标文件，把相应原子坐标平移盒子边长

如果初始帧分子是完整的，可以用pbc wrap -all -compound fragment修正轨迹保持片段的完整性
如果是GROMACS跑的，也可以用trjconv结合-pbc mol使转出来的新轨迹保持分子完整性

楼上说的显示周期镜像也是个办法，但这样做相邻盒子间没法显示成键。

VMD>Graphics>Representations>Periodic，选+Y，可以再+Y方向添加一个一模一样的box。