sobereva 发表于 2023-1-7 08:05
结合能通常以分子孤立状态结构为参考，相互作用能通常以复合物里单体结构为参考
当单体变形能不可忽略时 ...

谢谢Sob老师。我们当时的结构变形是可以忽略的，因此直接使用了较正后的相互作用能。

gengle 发表于 2023-1-6 14:27
多谢，我原来计算的时候就是直接使用的complexation energy (corrected) 这个值，没有再做其它的转换。

结合能通常以分子孤立状态结构为参考，相互作用能通常以复合物里单体结构为参考
当单体变形能不可忽略时，算结合能需要用BSSE校正后的复合物能量（即Counterpoise corrected energy）减去单体孤立结构下的能量和，要么用BSSE校正后的相互作用能（即complexation energy (corrected)）再手动加上各个单体的变形能

你可以用校正之后的能量分别减去单体的能量，这样就考虑了变形能

冰释之川 发表于 2023-1-6 13:25
你要算相互作用能，参考片段必须是从优化后的复合物中提取出来的；如果你还要考虑变形部分能量那另说。
...

多谢，我原来计算的时候就是直接使用的complexation energy (corrected) 这个值，没有再做其它的转换。

gengle 发表于 2023-1-6 12:21
我觉得复合物和单体结构上稍有差异是正常的，如果优化没问题，不用纠结于此。若差异较大就需要重视了。
另 ...

你要算相互作用能，参考片段必须是从优化后的复合物中提取出来的；如果你还要考虑变形部分能量那另说。
你BSSE任务里的片段就是从复合物里提取的；而你自己单独计算的片段估计又优化过了，所以会导致结果的差异。
其实差异就是来自三个片段的变形能

gengle 发表于 2023-1-6 12:21
我觉得复合物和单体结构上稍有差异是正常的，如果优化没问题，不用纠结于此。若差异较大就需要重视了。
另 ...

好的十分感谢！

我觉得复合物和单体结构上稍有差异是正常的，如果优化没问题，不用纠结于此。若差异较大就需要重视了。
另外，complexation energy (corrected) 也是可以直接使用的。

冰释之川 发表于 2023-1-6 11:28
你Sodiumcitrate孤立结构与复合物结构不一样，自己看看孤立结构中O16-Na19键长，以及在复合物中的16-Na19键 ...

好的谢谢老师的提点！想再请教一个问题，麻烦老师回答下，十分感谢。请问“复合物-BSSE.log“文件输出的complexation energy= -69.48 kcal/mole (corrected)。可以写进文章吗？说这结合能就是该复合物的相互结合能。

你Sodiumcitrate孤立结构与复合物结构不一样，自己看看孤立结构中O16-Na19键长，以及在复合物中的16-Na19键长

你要对比，首先要保证复合物与单体的结构一致

补充：所计算的分子均是提前进行了结构优化。