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Gromacs求助，如何用命令测量MD下复合物氢键长度

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danyunlee

发布时间: 2023-1-8 23:18

正文摘要:

在使用gromacs官网命令结合我的复合物测量氢键时，想测量配体上的氧原子与残基GLY10的酰胺基上的N-H形成的氢键长度，输入命令gmx distance -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -select "resname JZ4 and name O ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-1-8 23:45:30

尝试linux版，并且确保选择语句正确

另外，gmx pairdist也可以实现同样的测量功能。

使用VMD直接获得距离变化明显更方便直观

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