yezhonghua 发表于 2016-6-8 09:12
谢谢老师，sober老师像我的这个构型，寻找能量最低点是不是需要两次二面角扫描才能找到最优的初始构型？
...

2不用扫，就扫1和3就行了，做二维扫描，同时扫两个二面角

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:28
谢谢sober老师，再次请教您一个问题。

如果要寻找能量最低构型是不是先进行opt+freq优化，预优化一下 ...

是。
一开始是否做预优化无所谓，可以省掉。

sobereva 发表于 2016-6-7 09:22
是

谢谢sober老师，再次请教您一个问题。

如果要寻找能量最低构型是不是先进行opt+freq优化，预优化一下可以找到局部能量最低点。然后进行二面角柔性扫描，得到能量最低的构型。柔性扫描的话关键词里面不需要scan，如下所示：
#p b3lyp/6-31g(d) opt=modredundant
最后将得到的构型进行opt+freq。
这样的话是不是更加保险一点。


谢谢老师

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:14
我想找到能量最低的构型，是不是需要先对S0进行opt+freq优化，得到的构型然后再进行二面角柔性扫描就可以 ...

你先对两个二面角做柔性扫描，从得到的二维曲面图上找到离最深的势阱的最近的那个结构，保存成新的输入文件，做opt freq得到准确的最低点结构并查看有无虚频

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:01
请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
...

是

小范范1989 发表于 2016-6-7 09:13
恩。我记得是，你可以测试一下啊。不就知道了吗？

好的谢谢！

bomsaude 发表于 2016-6-6 18:38
D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
D是二面角（Dihedral angle），F是Frozen

我想找到能量最低的构型，是不是需要先对S0进行opt+freq优化，得到的构型然后再进行二面角柔性扫描就可以得到最低的能量构型。或者说在opt+freq优化的基础上进行二面角刚性扫描也可以得到能量最低构型？

谢谢！

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:01
请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
...

恩。我记得是，你可以测试一下啊。不就知道了吗？

小范范1989 发表于 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d)  opt=modredundant

请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
5 6 7 8 S 18 10.0

1 2 3 4 S 18 10.0 和5 6 7 8 S 18 10.0 之间不需要空行的吧？

谢谢！

小范范1989 发表于 2016-6-7 06:47
那你考虑的比较全面
1：你可以势能面扫一扫，看看有没有其他的构型。同时做个频率分析看看，
2：我感觉 ...

非常感谢，基组确实对能量计算结果影响较小，我的泛函采用的是B3LYP，和文献保持一致。

yezhonghua 发表于 2016-6-6 23:04
谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

pm6不是软件，是经验方法，好像是针对前三周期的，不用写基组。
你可以在本站找找pm6相关帖子，Sob老师写过。

yezhonghua 发表于 2016-6-6 22:46
非常感谢！

但是跃迁分析时候S1大部分是HOMO-LUMO的跃迁；这样直接用HOMO-1来搞不太好吧?

那你考虑的比较全面
1：你可以势能面扫一扫，看看有没有其他的构型。同时做个频率分析看看，
2：我感觉你这个0.2ev的差距，很大的可能是来源于泛函。基组我感觉影响相对较小。主要是泛函。

yezhonghua 发表于 2016-6-6 23:04
谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

一种半经验方法，Gaussian、MOPAC支持