Acee 发表于 2025-6-18 12:27
你是做的什么体系?

我做的是小分子在磷脂层中的拉伸模拟

V55 发表于 2025-6-12 16:40
你好，我想问下就是我跑完拉伸之后我的小分子在vmd里面演示的过程中结构会被拉伸开，有几个分子会分开， ...

你是做的什么体系?

Acee 发表于 2023-1-13 14:54
这里提供一份小分子穿膜的mdp文件，有任何相关问题都可以与我讨论。
这个mdp可以实现在npt的条件下牵引分 ...

你好，我想问下就是我跑完拉伸之后我的小分子在vmd里面演示的过程中结构会被拉伸开，有几个分子会分开，这是怎么回事？是我的pull.mdp文件设置的问题吗，还是有其他的问题？

m韩梅梅 发表于 2023-7-28 17:37
您好 请问您的这种报错解决了吗 我遇到了和您一样的错误

你好，请问解决了吗？我也遇到一样的问题了

yangjunfang 发表于 2023-6-14 19:04
您好，我想问一下，您说pull_group2_pbcatom选择任意一个原子就行，我是随机选了一个原子，但是一步也没 ...

您好 请问您的这种报错解决了吗 我遇到了和您一样的错误

Nancylee0416 发表于 2023-1-16 11:56
真的特别感谢！
调整过后mdp文件运行正确了，给大家作以参考。
1.水盒子的设定还得请问一下，牵引路径 ...

您好，请问您上面的错误解决了吗？

CruiseBend 发表于 2023-1-13 14:09
1. gmx editconf 很方便调节盒子大小，盒子标准是蛋白不能看到自己的pbc映像就行；
2. 是；
3. 不用去；
...

您好，我想问一下，您说pull_group2_pbcatom选择任意一个原子就行，我是随机选了一个原子，但是一步也没法执行就会如下错误

--------
Distance between pull groups 1 and 2 (3.131596 nm) is larger than 0.49 times
the box size (2.930891).

请问这个应该怎么解决啊，pull_group2_pbcatom和pull-pbc-ref-prev-step-com具体代表什么意思啊？

Nancylee0416 发表于 2023-1-14 17:57
非常感谢！
1.您说检查蛋白pbc映像有固定语句吗？我在pymol中观察预留的盒子空间很大这样可以吗？4.pul ...

1. 检查蛋白与其镜像的距离的命令：gmx mindist -f xxx.xtc -s xxx.tpr -pi
2. 可以，不过可能得多次调试，你可以生成一个pull的tpr看看整个牵引路径到底有多长，在考虑更改盒子大小
3. 不用管这一步

Nancylee0416 发表于 2023-1-14 18:02
非常感谢！我参照您的例子修改，但仍有报错回复如上，line70是最后一行了，pressure coupling应该如何修 ...

我这里只是提供一个思路，你需要根据自己的需求对控温，控压进行更改，比如控温算法，组，控压算法，组。
是不是直线无关紧要，可以忽略

mol 发表于 2023-1-14 08:55
您好，我看手册上说pull_dim是与distance联用的，如果是direaction的话应该不用设置吧

不用可以注释掉，direction只改vec就行了

Acee 发表于 2023-1-13 14:54
这里提供一份小分子穿膜的mdp文件，有任何相关问题都可以与我讨论。
这个mdp可以实现在npt的条件下牵引分 ...

非常感谢！我参照您的例子修改，但仍有报错回复如上，line70是最后一行了，pressure coupling应该如何修改呢？
还想请问一下，若牵引小分子的路径不是直线，这部分应该如何设定呢？牵引过程中小分子在蛋白口袋中，可以忽略牵引对蛋白的影响吗？

Acee 发表于 2023-1-13 14:54
这里提供一份小分子穿膜的mdp文件，有任何相关问题都可以与我讨论。
这个mdp可以实现在npt的条件下牵引分 ...

您好，我看手册上说pull_dim是与distance联用的，如果是direaction的话应该不用设置吧