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非键相互作用过大导致平衡模拟崩溃

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1416339770

发布时间: 2023-1-30 21:51

正文摘要:

将em.gro（己烷包裹水滴）与金板组合起来进行平衡，模拟崩溃显示如下（没有显示Fatal error）：WARNING: Listednonbonded interaction between particles 723371 and 723379at distance 8.663which is larger than t ...

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1416339770 发表于 Post on 2023-1-31 13:00:41

sobereva 发表于 2023-1-30 23:40
排查办法无外乎就这些：http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

大概率是拓扑文件的问题。

好的，谢谢sob老师指点

sobereva 发表于 Post on 2023-1-30 23:40:10

排查办法无外乎就这些：http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

大概率是拓扑文件的问题。
另外这种体系不适合用enerpres。这个体系也明显不适合用各项同性控压

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