建立盒子时蛋白一小部分在盒子外面有没有问题

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发布时间: 2023-2-6 21:38

各位老师好，有一个问题想请教一下。对于如图的蛋白结构（VMD已周期性显示），之前用的是立方盒子，但是有太多的空间被浪费掉导致模拟时耗时较多。现在换成了截角八面体盒子，浪费的空间小了，但是有一小部分在盒子 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-2-8 05:28:19

uenh1998 发表于 2023-2-7 08:52
谢谢社长，一般距离多少nm可以认为是足够大呢

至少1.5 nm，>1.8nm更好

对于用PME算静电作用的情况，mdp里的cutoff只是控制实空间部分的截断半径，影响计算效率，而并没有物理上的意义

uenh1998 发表于 Post on 2023-2-7 14:21:23

Frozen-Penguin 发表于 2023-2-7 11:43
一般超过cutoff就可以了，这个值可以在mdp里面找到，通常是1.2nm

嗯明白了，感谢

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-2-7 11:43:44

uenh1998 发表于 2023-2-7 08:52
谢谢社长，一般距离多少nm可以认为是足够大呢

一般超过cutoff就可以了，这个值可以在mdp里面找到，通常是1.2nm

uenh1998 发表于 Post on 2023-2-7 08:52:00

sobereva 发表于 2023-2-7 02:16
当前看没有问题，但跑起来之后若有大幅构象变化、体系大幅旋转，那就不一定了。
轨迹跑完了最好用gmx mind ...

谢谢社长，一般距离多少nm可以认为是足够大呢

sobereva 发表于 Post on 2023-2-7 02:16:42

当前看没有问题，但跑起来之后若有大幅构象变化、体系大幅旋转，那就不一定了。
轨迹跑完了最好用gmx mindist检查蛋白质与镜像间的最小距离确保足够大

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