纯蛋白370k下动力学模拟崩溃求助

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发布时间: 2023-2-9 15:15

这是我的pr.mdp文件，做的是纯蛋白模拟 define = -DPOSRES integrator = md dt = 0.002 ; ps nsteps = 50000 ; 100ps comm-grps&nb ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-2-9 19:56:57

按2L说的如果还不行，把dt改小再试

sobereva 发表于 Post on 2023-2-9 19:55:52

不要自己在标题里手动写【gromacs】标签，选GROMACS分类就完了。这次给你改了，以后注意

Jotaro 发表于 Post on 2023-2-9 19:22:48

如果能量最小化收敛了且这是能量最小化之后的那一步建议使用退火逐步升温，防止体系温度变化过快导致崩溃，具体可以看手册annealing部分

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