有没有更好的方法去更换vmd转化后data文件的原子、键、二面角类型？

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发布时间: 2023-2-9 17:12

各位老师好。我通过packmol构建了含有30个碳酸丙烯酯分子（结构式如图）的box，经过vmd把得到的pdb文件转化为data文件（要在lammps运行）。但是经过vmd的topo转化后的data文件有一个很大的问题就是，其定义的原子类 ...

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gromacs111 发表于 Post on yesterday 12:54

本帖最后由 gromacs111 于 2026-8-14 12:56 编辑

请问这个问题解决了么？我之前用LiaParGen生成每个分子的data文件后，直接用AI帮我生成全部的system.data，然后手动修改后，是可以跑的

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