2535882172 发表于 2023-2-11 23:13 图片没正确贴出来 看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图 我不知道你说的酶稳定性想以什么方式来体现。PCA分析图和稳定性没有什么直接关系。 |
本帖最后由 2535882172 于 2023-2-11 23:14 编辑 sobereva 发表于 2023-2-10 23:30 抱歉,我下次一定注意 我做的是水溶液纯蛋白模拟,想利用dccm指导现实中酶稳定性的改造,用的是gromacs初级班的mdp文件,我确认了平衡阶段温度、压力、能量、密度等量是平衡的,然后跑了30ns的模拟,rmsd看似也是平衡的,然后我没有进行去溶剂化处理,直接用的后5ns的轨迹在bio3d上做pca分析,这样的处理方式,是否有问题 file:///C:\Users\ASUS\AppData\Roaming\Tencent\Users\2535882172\QQ\WinTemp\RichOle\BS{_0{HHP_BDZJ0AJLZZOC5.png |
sobereva 发表于 2023-2-10 23:30 抱歉,下次会注意 做的是纯蛋白模拟,想要利用相互作用指导现实中的酶稳定性改造,我用的是您在gromacs培训班里给的纯蛋白质模拟的mdp文件,我确认体系平衡这一步温度、能量、压力、密度等均已达到平衡,且计算的rmsd图如下,看似也达到了平衡,之后选择后5ns在bio3d上作图,我想知道我这个数据能不能用,具体应该怎么判断呢[img]file:///C:\Users\ASUS\AppData\Roaming\Tencent\Users\2535882172\QQ\WinTemp\RichOle\9@2V`0Q33G%VE5LK`HK)Y[O.png[/img] |
不详细交代体系特征、研究的问题,以及PCA分析的目的、之前具体怎么做的,根本没法回答 在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 http://sobereva.com/620(http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html) |
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