计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

我的DCCM图是否可用以及一些零散问题

查看数: 1488 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2023-2-10 23:26

正文摘要:

我是个小白,用bio3d做了一张dccm图,感觉很零散,信息量很庞杂,如下图我有几个问题想求大佬们帮助 1、如果想做pca分析,前期的模拟应该怎么做才可以导出可用的图谱 2、我的图谱是否可用,应该如何判断自己的图 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-2-12 04:51:26
2535882172 发表于 2023-2-11 23:13
抱歉,我下次一定注意
我做的是水溶液纯蛋白模拟,想利用dccm指导现实中酶稳定性的改造,用的是gromacs ...

图片没正确贴出来
看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

我不知道你说的酶稳定性想以什么方式来体现。PCA分析图和稳定性没有什么直接关系。
2535882172 发表于 Post on 2023-2-11 23:13:21
本帖最后由 2535882172 于 2023-2-11 23:14 编辑
sobereva 发表于 2023-2-10 23:30
不详细交代体系特征、研究的问题,以及PCA分析的目的、之前具体怎么做的,根本没法回答
在网上求助计算化 ...

抱歉,我下次一定注意
我做的是水溶液纯蛋白模拟,想利用dccm指导现实中酶稳定性的改造,用的是gromacs初级班的mdp文件,我确认了平衡阶段温度、压力、能量、密度等量是平衡的,然后跑了30ns的模拟,rmsd看似也是平衡的,然后我没有进行去溶剂化处理,直接用的后5ns的轨迹在bio3d上做pca分析,这样的处理方式,是否有问题
file:///C:\Users\ASUS\AppData\Roaming\Tencent\Users\2535882172\QQ\WinTemp\RichOle\BS{_0{HHP_BDZJ0AJLZZOC5.png

2535882172 发表于 Post on 2023-2-11 21:51:50
sobereva 发表于 2023-2-10 23:30
不详细交代体系特征、研究的问题,以及PCA分析的目的、之前具体怎么做的,根本没法回答
在网上求助计算化 ...

抱歉,下次会注意
做的是纯蛋白模拟,想要利用相互作用指导现实中的酶稳定性改造,我用的是您在gromacs培训班里给的纯蛋白质模拟的mdp文件,我确认体系平衡这一步温度、能量、压力、密度等均已达到平衡,且计算的rmsd图如下,看似也达到了平衡,之后选择后5ns在bio3d上作图,我想知道我这个数据能不能用,具体应该怎么判断呢[img]file:///C:\Users\ASUS\AppData\Roaming\Tencent\Users\2535882172\QQ\WinTemp\RichOle\9@2V`0Q33G%VE5LK`HK)Y[O.png[/img]

sobereva 发表于 Post on 2023-2-10 23:30:56
不详细交代体系特征、研究的问题,以及PCA分析的目的、之前具体怎么做的,根本没法回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 09:00 , Processed in 0.965345 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list