sobereva 发表于 2023-2-16 05:36 sob老师看到后，有时间可以回复一下吗？感谢感谢 |
本帖最后由 longwenjun 于 2023-2-16 09:47 编辑 sobereva 发表于 2023-2-16 05:36 谢谢sob老师1、这个链不是在水中的，就是大气环境，这个胶原的实际使用场景就是固体，只是含有极性官能团会吸附水分子，大概空气状态下是水含量在10%-22%，以胶原和水总质量计算，不同湿度下会吸附不同数量的水分子，做的也只是胶原纤维与水的吸附实验，所以想看看水分子在胶原纤维上的相互作用 2、感谢sob老师关于使用GROMACS计算的提醒，GROMACS之前是我师兄在用，我一直没怎么使用过，目前的水平大概就是按照师兄建立的模型跟着流程跑的样子（已经跟着GROMACS的教程跑过了），目前师兄毕业了，之前用GROMACS计算过大概五十多个AA的三股螺旋和不同水含量下的情况，结果就是水分子主要集中在极性官能团上，会在极性官能团上覆盖多层；然后就想着用Gaussian算一下相互作用，这个提问最开始就是已经到用Gaussian计算相互作用了； 3.“”应当跑分子动力学，在力场层面下计算ARG和水，以及ARG和ASP的相互作用能，靠GROMACS定义能量组来实现。实际环境中水层的排布总是在不断变化的，而且相互作用能是波动的很厉害的，受溶剂层结构影响极大，必须考虑动态平均。”对于这句回复中的定义能量组和动态平均，因为才接触，sob老师有什么推荐的快速上手的教程吗？老师最近催的比较紧，实在没办法详细学习  感谢感谢 |
longwenjun 发表于 2023-2-15 10:04 如果链是浸在水环境中的，这种问题不是量化层面研究的。应当跑分子动力学，在力场层面下计算ARG和水，以及ARG和ASP的相互作用能，靠GROMACS定义能量组来实现。实际环境中水层的排布总是在不断变化的，而且相互作用能是波动的很厉害的，受溶剂层结构影响极大，必须考虑动态平均。光是拿局部结构去做量化讨论作用能没有多大意义 |
longwenjun 发表于 2023-2-13 16:16 把名字写对，6-311G**、Gaussian、SAPT 1 冻结没法节约耗时 简化体系，或者给不重要的地方用小基组，才能节约耗时 优化用6-311G**对于一般情况精度足够，没必要提升 2 拿具体体系说事。显然前提是其它部分的影响可以忽略时才能够去掉 |
本帖最后由 longwenjun 于 2023-2-15 10:05 编辑 七尺贱 发表于 2023-2-13 18:07 实验室的电脑一直用的Gaussian，没有人用过ORCA，我也是最近才开始做计算，没有什么概念，我下去看看，谢谢大佬 |
longwenjun 发表于 2023-2-13 16:16 你想得到结合能可以不用能量分解吧，用ORCA可以用较大的基组也可以得到准确的结合能 |
本帖最后由 longwenjun 于 2023-2-15 10:06 编辑 sobereva 发表于 2023-2-13 11:37 感谢sob老师的解答，基于上述内容，我想问一下： 1、对于1问题，如果对大部分原子做冻结，只保留相互作用的那一部分(不到15个原子，两个分子，一个分子比较大，一个分子3-5个原子)做限制性优化的话，这样能不能明显减少耗时；或者将相互作用的部分(不到15个原子)单独拎出来用B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP，这样会影响结果吗？比如，先用6-311G**计算相互作用的位置，再把相互作用的位置拎出来作更高的优化； 2、对于问题三，如果采用把相互作用的部分拎出来单独进行SAPT分解，那么这个结果和原来具有可信度吗？ 望解答，感谢感谢~ |
|
1 对这么大体系耗时很高。对大体系用6-311G**优化足矣 2 以微扰方式考虑T3簇算符。这是量化基本常识知识，看比如Levine的Quantum Chemistry 那帖子跟你没关系 3 算不动 这么大体系只能用比较low的SAPT0 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-20 07:26 , Processed in 0.171610 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites