sobereva 发表于 2024-6-27 02:51
可能windows版的bug，换linux版再试

问题解决。是charmm-gui出的文件有bug。我用sob老师在培训班上教的流程重做了文件。走通了。

sobereva 发表于 2024-6-27 02:51
可能windows版的bug，换linux版再试

好的好的。谢谢sob老师

tienan0412 发表于 2024-6-26 13:13
对。但是到这儿之后模拟就停了。出现了继续输入命令的提示符。

可能windows版的bug，换linux版再试

低调的板凳 发表于 2024-6-26 13:30
之前做能量最小化，或者是预平衡生成tpr文件的时候都没问题么

对。都很正常，没有报错什么的。

tienan0412 发表于 2024-6-26 13:13
对。但是到这儿之后模拟就停了。出现了继续输入命令的提示符。

之前做能量最小化，或者是预平衡生成tpr文件的时候都没问题么

低调的板凳 发表于 2024-6-26 10:17
你这就是没跑完啊，就到计算1-4这里，后续就没输出了？

对。但是到这儿之后模拟就停了。出现了继续输入命令的提示符。

tienan0412 发表于 2024-6-26 09:24
屏幕上最后就是这样了。什么提示都没有。不知道sob老师以前是怎么解决这个问题的。

你这就是没跑完啊，就到计算1-4这里，后续就没输出了？

sobereva 发表于 2024-6-26 02:01
这种问题一律看屏幕上最后的提示

屏幕上最后就是这样了。什么提示都没有。不知道sob老师以前是怎么解决这个问题的。

tienan0412 发表于 2024-6-25 19:38
sob老师您好，我现在得问题是无法生成.tpr文件。这是由于什么原因造成得呢？
npt1.mdp文件得内容是这样 ...

这种问题一律看屏幕上最后的提示

sobereva 发表于 2023-2-15 05:16
用dir命令，搞清楚当前目录下都有什么文件，以及想清楚mdrun当前试图读取什么文件，自然就明白了

麻烦您帮忙看一下

tienan0412 发表于 2023-2-14 11:42
sob老师您好，我在下一步输入gmx mdrun -v -deffnm npt1 命令时出现了如下问题。请问这是因为之前的命令出 ...

用dir命令，搞清楚当前目录下都有什么文件，以及想清楚mdrun当前试图读取什么文件，自然就明白了

sobereva 发表于 2023-2-14 09:41
不是报错，不用解决

sob老师您好。我在下一步命令的时候提示缺少文件，这是在哪步出问题了呢？图在下面的帖子里面