sobereva 发表于 2023-2-15 06:25
拓扑文件明显有问题，甚至连键角项都没有
先跑单分子MD，跑成功了再说跑晶体的

谢谢老师！我认真排查一下原因，下次注意发言规范！

拓扑文件明显有问题，甚至连键角项都没有
先跑单分子MD，跑成功了再说跑晶体的

zhy336613 发表于 2023-2-14 23:13
此外，运行grompp后出现了下列提示：

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

此外，运行grompp后出现了下列提示：

1. NOTE 1 [file PEN.top, line 14]:
   
2.   In moleculetype 'PEN' 8 atoms are not bound by a potential or constraint
   
3.   to any other atom in the same moleculetype. Although technically this
   
4.   might not cause issues in a simulation, this often means that the user
   
5.   forgot to add a bond/potential/constraint or put multiple molecules in
   
6.   the same moleculetype definition by mistake. Run with -v to get
   
7.   information for each atom.

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