求助：gmx_MMPBSA运行报错：tleap failed when querying _GMXMMPBSA_leap.in.

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发布时间: 2023-2-19 21:33

各位老师和前辈，麻烦帮我看看，我用gmx_MMPBSA工具通过MM/GBSA法计算蛋白和配体间的结合自由能，出现如下报错（详见log文件）： [DEBUG ] (no restraints) [ ...

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charmm36 发表于 Post on 2023-2-21 10:07:56

casea 发表于 2023-2-21 08:11
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/api/?h=sdc#decomposition-data

哇塞，谢谢谢谢！

casea 发表于 Post on 2023-2-21 08:11:36

charmm36 发表于 2023-2-20 20:59
嗯嗯，受教了，谢谢！另外，请教一下，gmx_MMPBSA做能量拆解分析时，gmx_MMPBSA_ana的窗口中能量拆解的结 ...

casea 发表于 Post on 2023-2-20 16:03:26

charmm36 发表于 2023-2-20 09:34
原来是这个意思，谢谢谢谢！不过，我纳闷为啥我的计算要加入-cp topol.top，而官网examples的命令里没加 ...

因为gmxmmpbsa会先生成amber格式的top，如果你提供的gmx文件中包含非标准残基或者原子命名不符合amber的力场格式就会报错。（这样解释不一定对

charmm36 发表于 Post on 2023-2-20 09:34:10

casea 发表于 2023-2-20 08:43
查看gmx_MMPBSA输入命令就可以知道，-cp 是添加系统topol。也就是你在输入gmx_MMPBSA运算命令中加入`-cp to ...

原来是这个意思，谢谢谢谢！不过，我纳闷为啥我的计算要加入-cp topol.top，而官网examples的命令里没加这个

casea 发表于 Post on 2023-2-20 08:43:21

查看gmx_MMPBSA输入命令就可以知道，-cp 是添加系统topol。也就是你在输入gmx_MMPBSA运算命令中加入`-cp topol.top`

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