DPD或者是gromacs怎么计算分子端到端的距离？

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发布时间: 2023-2-20 15:09

DPD或者是gromacs 这么计算分子端到端的距离求大佬指点一下

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echo112 发表于 Post on 2023-2-21 23:14:46

社会主义小战士发表于 2023-2-21 16:25
大佬，想问下这里用gromacs做DPD的是怎么建模的（力场和模型（PACKMOL？））？

我gromacs是跑全原子的，DPD是用JOCTA跑的

喵星大佬 发表于 Post on 2023-2-21 22:25:13

社会主义小战士发表于 2023-2-21 16:25
大佬，想问下这里用gromacs做DPD的是怎么建模的（力场和模型（PACKMOL？））？

gmx可以做dpd？最多做粗粒化吧

社会主义小战士 发表于 Post on 2023-2-21 16:25:37

大佬，想问下这里用gromacs做DPD的是怎么建模的（力场和模型（PACKMOL？））？

echo112 发表于 Post on 2023-2-21 15:53:31

sobereva 发表于 2023-2-21 02:50
VMD里自己量距离就完了
如果有一批分子，自己写脚本处理

谢谢

sobereva 发表于 Post on 2023-2-21 02:50:25

VMD里自己量距离就完了
如果有一批分子，自己写脚本处理

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