关于分子对接结果用MD验证其可靠性的问题

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发布时间: 2023-2-20 15:25

各位老师大家好，目前我在做蛋白的理性设计，用了αfold2模拟的蛋白结构与黄酮小分子进行对接并在5A内找到了几个氨基酸残基。看到网上说对接完之后需要进行MD模拟来验证可靠性，因此我用了gromacs进行模拟，小分子构 ...

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s2023 发表于 Post on 2023-2-20 20:54:08

frank666 发表于 2023-2-20 16:04
sob老师讨论过相关的问题。
问题1，可参考http://sobereva.com/632，
问题2，可参考http://sobereva.com/ ...

好的，谢谢

frank666 发表于 Post on 2023-2-20 16:04:07

sob老师讨论过相关的问题。
问题1，可参考http://sobereva.com/632，
问题2，可参考http://sobereva.com/627，通过RMSD判断动力学是否平衡，或者计算一下结合自由能等等

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