求助，我想问问一下无机体系-CaSO4溶液是用sobtop例子1吗？

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发布时间: 2023-2-21 17:14

本帖最后由小柏桐于 2023-2-21 17:17 编辑初学sobtop种，想问一下无机体系用CaSO4溶液产生top文件是用的例子1吗

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小柏桐 发表于 Post on 2023-2-27 20:54:18

牧生发表于 2023-2-24 16:51
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

抄作业，第五楼。计算方法第四楼

我想问下，用sobtop生成的SO42- .itp文件，O-S-O角度为120度，我之前用别的力场都是109度，因为硫酸根是正四面体结构，这120度参数可以用吗？

牧生 发表于 Post on 2023-2-24 16:51:45

本帖最后由牧生于 2023-2-24 16:53 编辑

小柏桐发表于 2023-2-24 15:26
我想问下，这个文献里边的参数直接用吗？我看L-J的函数形式跟gromacs里边的函数形式不一样

http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

抄作业，第五楼。计算方法第四楼

小柏桐 发表于 Post on 2023-2-24 15:26:01

牧生发表于 2023-2-21 17:32
如果是完全电离的稀溶液，
钙离子用这里面的参数 https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00580
硫酸根用s ...

我想问下，这个文献里边的参数直接用吗？我看L-J的函数形式跟gromacs里边的函数形式不一样

小柏桐 发表于 Post on 2023-2-22 09:32:19

sobereva 发表于 2023-2-22 04:31
是.pdb

如果你让sobtop自动指定GAFF原子类型，要提供硫酸根的mol2文件

谢谢，正在尝试

sobereva 发表于 Post on 2023-2-22 04:31:01

小柏桐发表于 2023-2-21 18:59
谢谢了，我研究的形成的团簇，没固体，应该按你说的用sobtop做就行，我用硫酸根的.pbd文件生成top文件。 ...

是.pdb

如果你让sobtop自动指定GAFF原子类型，要提供硫酸根的mol2文件

对硫酸根可以用Multiwfn算的RESP

小柏桐 发表于 Post on 2023-2-21 18:59:36

牧生发表于 2023-2-21 17:32
如果是完全电离的稀溶液，
钙离子用这里面的参数 https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00580
硫酸根用s ...

谢谢了，我研究的形成的团簇，没固体，应该按你说的用sobtop做就行，我用硫酸根的.pbd文件生成top文件。在做个RESP电荷就行了吧？

牧生 发表于 Post on 2023-2-21 17:32:04

本帖最后由牧生于 2023-2-21 17:33 编辑

如果是完全电离的稀溶液，
钙离子用这里面的参数 https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00580
硫酸根用sobtop去搞就行了。
如果浓溶液中有固体的CaSO4，那就参考例1

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