求助RMSD的分布图如何计算

查看数: 2064 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 5

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2023-2-22 21:00

各位老师和前辈，我在附件的论文中看到了呈现Gromacs分子动力学模拟后RMSD的分布图，在其他地方没查到绘制方法，特来请教一下怎么绘制？另外，文章的图注里提到“The bin for the distribution is 0.0 ...

回复 Reply

happy青青 发表于 Post on 2025-7-5 20:39:21

gmx rms计算的时候加上 -dist rmsd-dist.xvg 即可得到频数分布直方图

charmm36 发表于 Post on 2023-2-22 21:31:03

Jotaro 发表于 2023-2-22 21:28
正常计算rmsd得到xvg文件，导入origin中对y列求频数分布，间隔设置为0.005

好的好的，非常感谢！

Jotaro 发表于 Post on 2023-2-22 21:28:19

正常计算rmsd得到xvg文件，导入origin中对y列求频数分布，间隔设置为0.005

参与人数 Participants 1	eV +2	收起理由 Reason
charmm36	+ 2	谢谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register