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求助MS与Multiwfn计算多孔材料自由体积的差异

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发布时间: 2023-2-22 22:33

正文摘要:

我是做多孔材料COF的,现在将同一个cif分别导入MS和Multiwfn中进行自由体积计算时遇到问题。 其中,在Multiwfn上计算时,参照社长《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》http://sobereva. ...

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heyman1022 发表于 Post on 2023-2-24 09:48:44
sobereva 发表于 2023-2-24 06:37
不等效

Multiwfn算自由体积用的是范德华球叠加的范德华表面确定哪些是占据哪些是非占据区域。connolly ...

明白了,再次感谢社长。
sobereva 发表于 Post on 2023-2-24 06:37:06
heyman1022 发表于 2023-2-23 10:37
非常感谢社长的回复。

我仔细去看了《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102,并重新计算了一 ...

不等效

Multiwfn算自由体积用的是范德华球叠加的范德华表面确定哪些是占据哪些是非占据区域。connolly surface相当设一个原子球在这种范德华表面滚动时球的中心的轨迹对应的表面,显然球的半径为0时,connolly surface就和前面那种范德华表面是等价的。
heyman1022 发表于 Post on 2023-2-23 10:37:24
sobereva 发表于 2023-2-23 04:48
不同程序对表面的定义不同,正如分子体积有不同定义(《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102)

...

非常感谢社长的回复。

我仔细去看了《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102,并重新计算了一下。当我将MS 的connolly radius调整为0.001时,所得自由体积与multiwfn计算结果接近,那我是否可以理解为在参数设置方面connolly radius与multiwfn的默认电子密度等效?
sobereva 发表于 Post on 2023-2-23 04:48:01
不同程序对表面的定义不同,正如分子体积有不同定义(《谈谈分子体积的计算》http://sobereva.com/102

Multiwfn里的定义在博文里已经体现得很清楚了,而且还可以直接可视化观看便于理解定义方式

M$用的具体定义看help,特别是搞清楚Connolly surface的定义,并且理解Connolly radius的含义

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