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sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具

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sobereva

发布时间: 2023-2-28 02:46

正文摘要:

sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具 sobNEB: A convenient tool of generating interpolation points for NEB task of CP2K 文/Sobereva@北京科音 2023-Feb-28 1 介绍 CP2K有很好用的NEB ...

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youyno 发表于 Post on 2023-3-5 17:09:30

我一般用MS的反应工具生成轨迹，然后把每一帧都导出来生成pdb格式文件后转换成xyz格式。

sobereva 发表于 Post on 2023-2-28 16:12:08

921927965 发表于 2023-2-28 14:52
想请教一下sob老师，采用线性插值有时会出现某两个原子距离过近的情况，例如在反应前后某两个原子的位置发 ...

多人为指定几个中间点就行了，尽量摆成实际可能经过的结构

921927965 发表于 Post on 2023-2-28 14:52:45

想请教一下sob老师，采用线性插值有时会出现某两个原子距离过近的情况，例如在反应前后某两个原子的位置发生了交换，这时采用线性插值，可能就会发生两个原子重叠的问题，sobNEB中有没有办法针对这种情况对结构做出适当优化呢？

zsu007 发表于 Post on 2023-2-28 09:36:00

好物，社长威武！

PESPES 发表于 Post on 2023-2-28 09:21:48

当前目录下出现的BAND.txt内容如下，可以直接粘贴到&BAND字段里。这个&BAND字段是cp2k计算过渡态的输入文件里的某个位置么？

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