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求助 gromacs可以建立一个两种溶剂分开的盒子吗

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发布时间: 2023-2-28 21:16

正文摘要:

我想使用gomacs建立一个类似于 这样的盒子,左半部分放入氯仿溶剂,并添加k+和cl+,右半部分放入水分子,在二者界面相交处放入18c6分子,请问应该怎么操作

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xuan12138 发表于 Post on 2023-3-1 08:55:05
Entropy.S.I 发表于 2023-2-28 22:55
先搜索,搜不到再提问
http://sobereva.com/473
packmol是任何做MD的人都应该了解的最基础的工具

好的 谢谢 我去看看
Entropy.S.I 发表于 Post on 2023-2-28 22:55:46
先搜索,搜不到再提问
http://sobereva.com/473
packmol是任何做MD的人都应该了解的最基础的工具

另外,你应该是打算模拟18-冠-6络合钾离子相转移过程,这种涉及界面现象的模拟应该把界面建得尽可能大,图中这个模型对应的工作可能很老了,而现在计算条件完全可以支持数十倍于图中模型体积的模型的模拟。

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