求助通过sobtob生成重铬酸根的gromacs拓扑文件，gro在pymol打开后双键全都变成了单键

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发布时间: 2023-3-1 12:19

我是参照sob老师在sobtop官网中的例4，来生成重铬酸根离子在gromacs中的拓扑文件的，链接如下：使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 http://soberev ...

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HYUAN 发表于 Post on 2023-3-2 12:15:24

sobereva 发表于 2023-3-2 09:13
gro文件里又不记录形式键级，而且VMD默认又不显示形式键级
甭让gview在载入时自动加氢

好的好的谢谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2023-3-2 09:13:50

HYUAN 发表于 2023-3-2 08:47
但是我按照能够显示出双键的方法打开之后，还是显示的单键，可以确定生成的就是单键，这种情况有没有可能 ...

gro文件里又不记录形式键级，而且VMD默认又不显示形式键级
甭让gview在载入时自动加氢

HYUAN 发表于 Post on 2023-3-2 08:47:58

牧生发表于 2023-3-1 13:06
http://sobereva.com/534

但是我按照能够显示出双键的方法打开之后，还是显示的单键，可以确定生成的就是单键，这种情况有没有可能是其他地方出现错误了呢

牧生 发表于 Post on 2023-3-1 13:06:49

http://sobereva.com/534

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