gromacs做完能量最小化后，发现原子片段前边的序列号跟初始构象不同了

查看数: 1818 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2023-3-1 15:13

本帖最后由小柏桐于 2023-3-1 16:52 编辑做完能量最小化后，生成的.gro文件中的片段序列号跟初始的.gro文件片段序列号不同，这是什么原因呢？还有我把石墨烯四周的碳原子固定了，但是能量最小化后，有一边固定 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-3-3 06:12:56

小柏桐发表于 2023-3-2 09:25
老师，我的初始构型的.gro文件里边的原子序号就是从1开始的

我明确说了顺着

你的gro文件里明显序号不是连续的

小柏桐 发表于 Post on 2023-3-2 09:25:40

sobereva 发表于 2023-3-2 06:21
gro文件要求原子序号从1开始顺着排下去，不符合要求的会自动修正

老师，我的初始构型的.gro文件里边的原子序号就是从1开始的

sobereva 发表于 Post on 2023-3-2 06:21:49

gro文件要求原子序号从1开始顺着排下去，不符合要求的会自动修正

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register